Герой Mark of the Ninja не похож на обычного ниндзю. Он не кидается с одной катаной на десяток врагов. Ему по душе прятаться в тенях и вентиляционных шахтах, обрушиваться на противника с воздуха и аккуратно использовать различные гаджеты. Полицейским Рону и Сэму очень скучно, ведь в городе практически не совершаются преступления. Единственное их развлечение – это просмотр телевизора, где они постоянно попадают на видеообзор компьютерных игр от ведущего Ника Ньюстера.