Борцы за свободу Нео, Тринити и Морфеус продолжают руководить восстанием людей против Армии Машин. Им приходится прибегать не только к арсеналу превосходного оружия, но и к своим выдающимся навыкам. Участие в миссии по спасению человеческой расы приносит им более глубокое понимание конструкции Матрицы и осознание центральной роли Нео в судьбе человечества.